医院始建于1958年10月，其前身为东郭区卫生所，1975年该院成立了精神科，1988年经省卫生厅批准确定为中心卫生院。

1992年被枣庄市卫生局评定为“合格乡镇卫生院”，1993年，在医院分级管理评审中定为“一级甲等”医院，同年4月，经滕州市人民政府批准，成立了以该院精神科为基础的滕州市精神病防治院。

2000年12月，精神病防治院晋升为副科级单位。

2001年3月，原党山乡卫生院也划归为东郭镇辖区，隶属于东郭中心卫生院管理。

2013年1月，滕州市东郭中心卫生院与滕州市精神病防治院正式分为两家单位，滕州市东郭中心卫生院沿用至今。