宁直，滕县人，生性聪慧机敏而好学。明太祖洪武乙卯年，在乡试中考取举人。第二年，考中乙榜进士。委任学官，曾在襄垣县、无为县、萧县、孟县任职，出于他门下的弟子很多。明宣宗宣德年间，提拔为宿迁县知县。为政宽厚、廉洁、公平而简易，兴办学校，鼓励种田植桑，未满一月，百姓陆续依附从命。
邳州有位张氏，以种瓜为业。一天夜里被人几乎割尽了他的瓜苗，他向宁直投诉。宁直说：“你有仇家吗？”他说：“李荣与我过去有怨。”宁直就召唤李荣和瓜田四邻的人们，收取他们的镰刀和锄头几十件，用水冲洗，只有李荣的镰刀和锄头的水味腥苦，李荣就招认了。州中居民张谨的妻子朱氏白天丢失金环钗钏共六件，婆婆打的她几乎死去。他的兄弟向宁直投诉，宁直召唤朱氏问道：“那天来往的是什么人？”朱氏说：“有出嫁的小姑和邻居家的妇女三人。”宁直就召唤四个女人来到，接着用布把他们的脸蒙起来，坐在帐子里面，各自把脚伸到帐外，命令衙役说：“这是偷金环的，拿大杖打她。”一个女人立即把脚缩回去了，叫她出帐询问，原来是小姑，一审就招认了。相邻地区有杨氏兄弟五人争夺家产，打了几年官司，不能决断，越境来向宁直投诉。宁直命令他们跪在厅堂下面几天，引用古人兄弟友爱的事反复开导他们，五人感悟，自己请罪，回到家乡，不再争夺家产。
上元县有个人在口袋里装了五百贯钱，被人偷去，向宁直投诉。宁直说：“你看见什么了？”回答说：“只枕着一块石头，没有看见别的东西。”宁直说：“这怎么办？”接着令人取石头来，到城隍祠堂中决断而寻找钱，又把失主的诉状在祠堂下焚烧，人们争着跑过去看。宁直暗地命令几个衙役在众人之间听言察色，又命令两个人站立门下，凡观看的人出入，都要一贯钱，不交钱的不能出门。有两个人私下低声交谈说：“我知道偷口袋中钱的人从这里出去了，我和你到他家门口，说出他偷钱的事，他害怕而分给我们，就算了。”衙役立即捉住了这两个人，接着捉住了偷钱的人。宁直审理百姓的诉讼大都与这些事相似。
明英宗正统元年，宁直在任上去世。去世那天，百姓老幼互相携扶到县衙门外哭泣的接连不断，有人为他送丧到滕县，葬礼完毕后才归去。
