黄世清，初名祖年，字叶仍，号澄海，吏部公黄中色第三子。生来形貌奇异，与兄长黄昌年都在少年时成为孤儿。兄长和他读书讨论文章总能理解领悟，翻阅书籍都能默默记住，未尝用口诵读。家贫，好学而不放弃。到兄长在乡试中考取举人时，志向更加坚定，名声也大起来。为人自爱自重，风度美好超逸，不随便与人交往。当时董国光中丞任延绥抚军，黄世清做了董国光的女婿，中丞十分敬重他。明熹宗天启丁卯年，乡试中举，写的文章堂皇典雅。工于书法和诗，书法效法柳公权，风格遒劲潇洒，超逸脱俗，与兄长的儿子黄如千著作日益丰富，各成一家，时称二黄。
明毅宗崇祯甲戌年，成为进士，委任户部主事。掌管浒（xǔ）墅关（浒墅关，地名）的货物专卖和税收，浒墅关的弊政全被革除。掌权的人用金钱邀请黄世清调到吏部任职，黄世清拒绝了他，丝毫不与交往。很久，才调到汾州冀北道任职。崇祯戊寅年，国家政局已动荡不安，黄世清一身正气统率下属官吏，息事安民，从不对属吏进行索取，廉洁应该是他的天性。庚辰年，调任陕西右参议，分守商雒，驻在商州城，由于商州城屡次遭到乱战，四野萧条，百姓都入城自保。黄世清到任后，剔除衙门中害民的官吏，严密整顿民间保甲组织，招募壮士，赈济饥民。当时外地的士兵所过之处奸淫掳掠，黄世清下令，士兵不得擅自入城。不久，关中士兵经过商州地面，有两个士卒打门，立即击打以示众。黄世清文武兼备，孙白谷公传廷（孙传廷，字白谷）督率陕地军队，对待黄世清格外尊重。商州偏僻落后、盗寇众多，而且时事日益变坏，有人请黄世清派人到长安奔走，以求到好地区任职。黄世清辞谢说：“我怎能巴结权贵以求调任呢？”一个儿子正年幼，嘱托友人抚养他。每次饮酒都慷慨作歌，左右和唱。癸未年十月，闯王军队包围了商州城，黄世清从城上缒（缒，zhuì，用绳索拴住人或物从上往下放）下敢死的勇士，歼灭敌军六、七十人。西安城被攻陷，敌军的骑兵长驱直入，派遣说客诱降，黄世清假意和说客交谈，暗地用鸟枪击毙了他，把他的头颅挂在城上，说：“怀有二心的人都和他一样！”士兵都舍命效力。炮弹和箭都用尽了，就用石头，石头用尽了，妇女就挖掘砌台阶的砖石继续使用。敌军增加到十余万人，昼夜攻城，援兵没有了，力量用尽了，城终于被攻破。黄世清坐在堂上，挥手令他的仆人朱化凤逃跑，朱化凤愿意同死。朱化凤喝斥敌军，敌军打他的脸颊，朱化凤声音和脸色更加严厉。敌军元帅袁宗第想让黄世清屈服，朱化凤说：“奴才！我的主人是堂堂地方长官，肯拜贼寇吗！”敌军先杀了朱化凤，给黄世清防御札（防御札，当指用来保护自己的木简或文书），黄世清斥骂而不接受后被杀害了。此事上报朝廷，赠给太常寺正卿的称号，一个儿子因他的功勋得赐官爵，入国子监读书。商州人收拾骸骨，把黄世清埋葬在金凤山，每年按季节祭祀他，每当得到应时的新鲜食品，先祭祀黄世清和朱化凤然后食用，把黄世清作为名宦祭祀。
